上海自然博物馆筹建于1956年，上海市人民委员会1956年11月1日批准由金仲华等12人组成上海自然博物馆筹备委员会。先后设在南昌路铭德里2号、虎丘路20号、重庆南路中国科学院上海昆虫研究所内；1958年8月迁入延安东路260号。1960年2月，中国科学院院长郭沫若书写馆名“上海自然博物馆”。现大多展品已搬至静安区的自然博物馆，此地名为”自然博物分馆”。